COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-06 17:00:00 4.282309 4.282309 3.804309
2020-10-05 17:00:00 6.174934 3.619307 3.693306
2020-10-04 17:00:00 4.342553 4.342553 3.629349
2020-10-03 17:00:00 4.084329 4.084329 3.553738
2020-10-02 17:00:00 3.483947 3.483947 3.477884
2020-10-01 17:00:00 3.756284 3.756284 3.393789
2020-09-30 17:00:00 2.968249 2.968249 3.303762

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-06 17:00:00 4.824121 4.824121 3.449127
2020-10-05 17:00:00 4.087193 4.087193 3.209948
2020-10-04 17:00:00 2.988691 2.988691 3.157679
2020-10-03 17:00:00 3.753351 3.753351 3.035732
2020-10-02 17:00:00 3.648548 3.648548 3.044185
2020-10-01 17:00:00 2.427184 2.427184 2.930814
2020-09-30 17:00:00 2.270484 2.270484 2.825642

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-06 17:00:00 0.390625 0.390625 1.869174
2020-10-05 17:00:00 10.000000 1.500536 1.869076
2020-10-04 17:00:00 3.517588 3.517588 1.929810
2020-10-03 17:00:00 3.428971 1.812005 2.013336
2020-10-02 17:00:00 1.714898 1.714898 2.026426
2020-10-01 17:00:00 3.514377 3.514377 2.018035
2020-09-30 17:00:00 3.624009 3.624009 2.054161

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-06 17:00:00 1.222104 1.222104 1.078335
2020-10-05 17:00:00 1.691176 1.280624 1.017856
2020-10-04 17:00:00 1.057906 1.057906 1.029962
2020-10-03 17:00:00 1.261830 1.261830 1.006948
2020-10-02 17:00:00 1.033295 1.033295 0.969617
2020-10-01 17:00:00 0.862069 0.862069 0.930868
2020-09-30 17:00:00 0.948867 0.948867 0.912305

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-06 17:00:00 10.727865 10.727865 7.923998
2020-10-05 17:00:00 12.453048 12.453048 7.680250
2020-10-04 17:00:00 7.147814 7.147814 7.453828
2020-10-03 17:00:00 7.108669 7.108669 7.203367
2020-10-02 17:00:00 6.371912 6.371912 6.836812
2020-10-01 17:00:00 5.217391 7.781325 6.531675
2020-09-30 17:00:00 5.783958 5.783958 6.304673

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-06 17:00:00 3.712497 3.712497 3.409109
2020-10-05 17:00:00 8.110733 3.872913 3.359669
2020-10-04 17:00:00 4.008959 4.008959 3.277117
2020-10-03 17:00:00 4.603087 2.839030 3.159402
2020-10-02 17:00:00 2.567738 3.865307 3.087423
2020-10-01 17:00:00 3.139287 3.139287 2.996019
2020-09-30 17:00:00 2.342301 2.342301 2.904099

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-06 17:00:00 4.442509 4.442509 4.066355
2020-10-05 17:00:00 3.874539 3.874539 3.787757
2020-10-04 17:00:00 4.065041 4.065041 3.652992
2020-10-03 17:00:00 3.747245 3.747245 3.576186
2020-10-02 17:00:00 3.567568 5.387755 3.463140
2020-10-01 17:00:00 3.251569 4.672131 3.335114
2020-09-30 17:00:00 2.295082 2.295082 3.165498

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-06 17:00:00 3.151140 3.151140 2.827577
2020-10-05 17:00:00 2.725574 2.725574 2.841573
2020-10-04 17:00:00 2.699414 2.699414 2.835692
2020-10-03 17:00:00 2.596757 2.596757 2.844989
2020-10-02 17:00:00 2.754591 2.754591 2.829868
2020-10-01 17:00:00 3.253530 3.253530 2.827477
2020-09-30 17:00:00 2.585252 2.585252 2.804658

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-06 17:00:00 9.964830 9.964830 8.364519
2020-10-05 17:00:00 13.161132 13.161132 8.336155
2020-10-04 17:00:00 9.664537 9.664537 8.335329
2020-10-03 17:00:00 7.366985 7.366985 8.163339
2020-10-02 17:00:00 7.349081 7.349081 7.973948
2020-10-01 17:00:00 6.479860 6.479860 7.814929
2020-09-30 17:00:00 3.105968 6.546894 7.602633

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-06 17:00:00 3.289474 3.289474 2.747103
2020-10-05 17:00:00 5.150831 2.359023 2.610126
2020-10-04 17:00:00 3.282459 3.282459 2.534293
2020-10-03 17:00:00 3.249008 3.249008 2.459087
2020-10-02 17:00:00 2.502037 2.502037 2.389101
2020-10-01 17:00:00 2.019447 2.762148 2.297103
2020-09-30 17:00:00 1.713555 1.713555 2.195886

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-06 17:00:00 3.867403 3.867403 3.195971
2020-10-05 17:00:00 4.899777 4.899777 3.157979
2020-10-04 17:00:00 5.258467 2.406417 3.106093
2020-10-03 17:00:00 4.466313 2.823018 3.065169
2020-10-02 17:00:00 3.550296 3.550296 3.067874
2020-10-01 17:00:00 2.676864 2.676864 3.004150
2020-09-30 17:00:00 2.918782 2.918782 3.011462

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-06 17:00:00 1.102941 1.102941 0.673665
2020-10-05 17:00:00 1.005025 0.429185 0.688122
2020-10-04 17:00:00 3.036437 0.809717 0.761565
2020-10-03 17:00:00 0.000000 0.000000 0.804522
2020-10-02 17:00:00 0.858369 0.858369 0.843080
2020-10-01 17:00:00 0.411523 0.411523 0.888886
2020-09-30 17:00:00 1.190476 1.190476 0.909761

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-06 17:00:00 3.201507 3.201507 3.589226
2020-10-05 17:00:00 5.295950 5.295950 3.633293
2020-10-04 17:00:00 6.530612 6.530612 3.567958
2020-10-03 17:00:00 3.418803 3.418803 3.560863
2020-10-02 17:00:00 2.755906 2.755906 3.418396
2020-10-01 17:00:00 3.152174 3.152174 3.339885
2020-09-30 17:00:00 2.432046 2.432046 3.384482

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-06 17:00:00 8.179959 8.179959 6.980875
2020-10-05 17:00:00 11.238532 11.238532 6.956095
2020-10-04 17:00:00 5.923345 5.923345 6.782448
2020-10-03 17:00:00 9.538462 9.538462 6.720114
2020-10-02 17:00:00 5.349794 5.349794 6.364504
2020-10-01 17:00:00 7.619048 7.619048 6.200373
2020-09-30 17:00:00 3.645320 3.645320 5.907759

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-06 17:00:00 4.706524 8.112764 5.711886
2020-10-05 17:00:00 14.827586 14.827586 5.584609
2020-10-04 17:00:00 4.364279 4.364279 5.413935
2020-10-03 17:00:00 7.730673 3.657523 5.185342
2020-10-02 17:00:00 7.889049 7.889049 5.020460
2020-10-01 17:00:00 8.661417 3.613666 4.798087
2020-09-30 17:00:00 4.693539 4.693539 4.623782

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-06 17:00:00 3.232693 3.232693 3.823383
2020-10-05 17:00:00 4.822777 4.822777 3.774259
2020-10-04 17:00:00 9.079976 5.682502 3.695932
2020-10-03 17:00:00 4.198185 4.198185 3.613595
2020-10-02 17:00:00 2.924452 2.924452 3.564149
2020-10-01 17:00:00 4.102195 4.102195 3.484958
2020-09-30 17:00:00 3.282493 3.282493 3.418309

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-06 17:00:00 3.284672 3.284672 4.620513
2020-10-05 17:00:00 6.581900 6.581900 4.531813
2020-10-04 17:00:00 7.293035 7.293035 4.403273
2020-10-03 17:00:00 3.627853 3.627853 4.329464
2020-10-02 17:00:00 3.724395 3.724395 4.232818
2020-10-01 17:00:00 5.342237 5.342237 4.126789
2020-09-30 17:00:00 2.330896 2.330896 3.987602

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-06 17:00:00 4.383440 5.161627 4.147397
2020-10-05 17:00:00 7.609988 3.358699 4.047072
2020-10-04 17:00:00 3.606279 3.606279 4.001379
2020-10-03 17:00:00 4.659498 4.659498 3.895704
2020-10-02 17:00:00 3.678403 3.678403 3.826890
2020-10-01 17:00:00 4.040404 4.040404 3.783842
2020-09-30 17:00:00 4.460771 4.460771 3.669175

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-06 17:00:00 4.237632 4.237632 3.459958
2020-10-05 17:00:00 5.056026 5.056026 3.378076
2020-10-04 17:00:00 3.278689 3.278689 3.235432
2020-10-03 17:00:00 3.409484 3.409484 3.125171
2020-10-02 17:00:00 3.817186 3.817186 3.036268
2020-10-01 17:00:00 2.766571 2.766571 2.963447
2020-09-30 17:00:00 2.445985 2.445985 2.854461

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-06 17:00:00 3.974359 5.426696 4.237460
2020-10-05 17:00:00 8.296943 1.704036 4.030883
2020-10-04 17:00:00 6.153846 6.153846 3.813806
2020-10-03 17:00:00 3.562341 3.562341 3.691098
2020-10-02 17:00:00 5.950096 5.950096 3.525289
2020-10-01 17:00:00 4.125561 4.125561 3.375845
2020-09-30 17:00:00 4.397706 4.397706 3.202480

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-06 17:00:00 5.747126 5.747126 5.975824
2020-10-05 17:00:00 13.131313 13.131313 5.711840
2020-10-04 17:00:00 6.250000 6.250000 5.225136
2020-10-03 17:00:00 0.000000 0.000000 5.275092
2020-10-02 17:00:00 9.734513 9.734513 5.058391
2020-10-01 17:00:00 0.714286 0.714286 4.767468
2020-09-30 17:00:00 4.109589 4.109589 4.584676

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-06 17:00:00 4.959328 4.959328 4.293566
2020-10-05 17:00:00 9.319287 9.319287 4.330085
2020-10-04 17:00:00 4.819055 4.819055 4.278666
2020-10-03 17:00:00 3.380282 3.380282 4.217090
2020-10-02 17:00:00 2.167991 3.929637 4.171690
2020-10-01 17:00:00 7.098421 3.126495 4.104820
2020-09-30 17:00:00 3.204466 3.204466 4.040361

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 4.824121 4.824121 3.449127
Basilicata 0.390625 0.390625 1.869174
Calabria 1.222104 1.222104 1.078335
Campania 10.727865 10.727865 7.923998
Emilia-Romagna 3.712497 3.712497 3.409109
Friuli Venezia Giulia 4.442509 4.442509 4.066355
Lazio 3.151140 3.151140 2.827577
Liguria 9.964830 9.964830 8.364519
Lombardia 3.289474 3.289474 2.747103
Marche 3.867403 3.867403 3.195971
Molise 1.102941 1.102941 0.673665
P.A. Bolzano 3.201507 3.201507 3.589226
P.A. Trento 8.179959 8.179959 6.980875
Piemonte 4.706524 8.112764 5.711886
Puglia 3.232693 3.232693 3.823383
Sardegna 3.284672 3.284672 4.620513
Sicilia 4.383440 5.161627 4.147397
Toscana 4.237632 4.237632 3.459958
Umbria 3.974359 5.426696 4.237460
Valle d'Aosta 5.747126 5.747126 5.975824
Veneto 4.959328 4.959328 4.293566
© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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